Азовская военная флотилия (1-го формирования)
Июль 1941 — 08.09.1942
Азовская военная флотилия (2-го формирования)
03.02.1943 — Апрель 1944
Амурская военная флотилия
08.05.1920 — 07.06.1998
Беломорская военная флотилия
Август 1941 — Апрель 1945
Волжская военная флотилия
Октябрь 1941 — Июнь 1944
Днепровская военная флотилия (1-го формирования)
Июнь 1931 — Июнь 1940
Днепровская военная флотилия (2-го формирования)
Сентябрь 1943 — Июнь 1945
Дунайская военная флотилия (1-го формирования)
Июль 1940 — 21.11.1941
Дунайская военная флотилия (2-го формирования)
19.11.1944 — 1960
Каспийская военная флотилия
Январь 1943 — 1991
Ладожская военная флотилия (1-го формирования)
Октябрь 1939 — Ноябрь 1940
Ладожская военная флотилия (2-го формирования)
25.06.1941 — 04.11.1944
Онежская военная флотилия (1-го формирования)
Август 1941 — Ноябрь 1941
Онежская военная флотилия (2-го формирования)
Апрель 1942 — Ноябрь 1941
Пинская военная флотилия
17.07.1940 — Октябрь 1941
Чудская военная флотилия
Июль 1941 — 27.08.1941